Dãy núi Kii hay bán đảo Kii (紀伊半島 Kii Hantō)[80] – một trong các bán đảo lớn nhất ở Honshu.
Dãy núi Kii nằm ở cực Nam của hòn đảo chính gồm những đỉnh núi có độ cao từ 1 đến 2 nghìn mét . Vùng đất này mang giá trị đặc biệt đối với tâm linh người Nhật bởi còn lưu giữ được nhiều ngôi đền linh thiêng -biểu tượng cho sự đa dạng , phong phú của văn hóa và tôn giáo Nhật Bản . Thánh địa và đường hành hương vùng núi Kii là quần thể các kiến trúc chùa chiền, đền thờ và đường hành hương ở vùng núi Kii trải qua các tỉnh Mie, Nara, và Wakayama ở vùng Kinki của Nhật Bản. Ngày 7 tháng 7 năm 2004, quần thể này được UNESCO công nhận là di sản thế giới (văn hóa).
Vùng núi Shirakami (白神山地 Shirakami-Sanchi) (Địa hạt của thần) nằm ở bắc Honshu.
Các ngọn núi này trải dài vững chắc theo các khu rừng nguyên thủy từ huyện Akita đến Aomori[81]. Dãy núi này bao gồm hàng loạt những đỉnh núi cao trên 1.000 mét và có một dải thực vật vô cùng phong phú . Trên những đỉnh núi này hiện còn tồn tại những rừng sồi nguyên thủ với tuổi trung binh khoảng 8000 năm . Shirakami-shanchi là nơi đựoc các nhà khoa học coi là duy nhất ở đông á có những rừng sồi nguyên thủy vẫn đang phát triển suốt từ kỉ Băng Hà cho tới tận ngày nay . Vùng rừng núi này có nhiều thác nước đẹp, như hệ thống ba thác Anmon (Anmon no taki) là một hạng mục trong di sản thế giới Vùng núi Shirakami .Tổng cộng 1. 300 km² trong đó 169,7 km² của ngọn núi được vào danh sách UNESCO.
Vườn quốc gia Shiretoko (知床国立公園 Shiretoko Kokuritsu Kōen)
Chiếm phần lớn bán đảo Shiretoko ở tận cùng đông bắc đảo Hokkaido[82], theo người Ainu nghĩa là “Nơi tận cùng Trái Đất”, “phần cuối lãnh thổ” hay “mảnh đất nhô ra”.
Công viên cũng là nơi cư ngụ của loài gấu lớn nhất Nhật Bản, có thể trông thấy khu đảo tranh chấp Kunashiri từ đây. Ngoài ra công viên còn có thác nước nóng Kamuiwakka-no-taki. Theo người Ainu đây là dòng nước của các vị thần. Shiretoko gồm hai thị trấn – Shari, Rausu và dãy núi hùng vĩ Shiretoko với độ cao 1200m-1600m trải dài qua trung tâm bán đảo giống như chiếc xương sống khổng lồ. Đỉnh cao nhất trong hệ thống núi này là Rausu-dake (trên mực nước biển 1661m). Nơi đây có rất nhiều hồ và thác nước như hồ Shiretoko Goko, thác nước Kamuiwakka, suối nước nóng tự nhiên đang phun từng đợt và gần 70 sông suối. Shiretoko cũng có nhiều suối nước nóng trong vùng núi lửa và tảng đá Godzilla Iwa khổng lồ trông như một con quái vật. Được công nhận vào năm 2005 cùng với một phần đảo Kuril do Nga kiểm soát.
Đền và chùa ở Nikko (日光市 Nikkō-shi, )
Là một thành phố nằm trên vùng đồi núi thuộc huyện Tochigi. Cách Tokyo 140 km về phía bắc và gần 35 km về phía tây của Utsunomiya, thủ phủ của Tochigi, nơi quàng lăng tẩm của Tướng quân Tokugawa Ieyasu (Nikko Tosho-gu) và người cháu trai Iemitsu (Iemitsu-byo Taiyu-in) cùng khu đền Futarasan. Shodo Shonin lập đền Rinno vào 782, theo sau không lâu là Đền Chuzen-ji năm 784, bao quanh là làng Đền chùa Nikkō. Đền của Nikko Tosho-gu được hoàn tất vào 1617 là một trong các nơi đón khách hành lễ đông nhất thời Edo. Nikko Tosho-gu, Đền Futarasan và Rinno-ji hiện cũng là Di sản được UNESCO công nhận. [83] Quần thể đền, chùa ở Nikko, Nhật Bản có thể gọi là “Di Hoà Viên của Nhật Bản”! Đó là quần thể những đền và chùa cổ kính , hầu hết được xây dựng vào thế kỉ 17,tọa lạc trên những ngọn núi bao quanh vùng Nikko đã ghi dấu lại một thời kì phát triển rực rỡ của văn hóa Nhật 300 năm về trước . 90% dân số Nhật Bản theo đạo Phật nên đâu đâu trên đất nước này bạn cũng dễ dàng bắt gặp những cảnh chùa tuyệt đẹp. Nổi tiếng nhất trong số đó là chùa Rinno xây trên núi Nikko.
Tên gọi quần thể đền, chùa ở thành phố Nikko có từ khi quần thể này được UNESCO công nhận là di sản văn hoá thế giới năm 1999. Toàn bộ di sản bao gồm 103 hạng mục, trong đó 9 mục được xếp hàng quốc bảo và 94 mục xếp hàng tài sản văn hóa trọng yếu của Nhật Bản.
Đảo Yakushima (屋久島 Yakushima)
Là một đảo diện tích 500 km² và gần 15.000 cư dân, nằm về phía nam của Kyushu ở huyện Kagoshima[84], bị chia cắt khỏi Tanegashima bởi eo biển Vincennes với ngọn núi cao nhất của đảo Myanoura 1.935 m. Hòn đảo có hình ngũ giác kỳ lạ. Được vây quanh bởi rừng rậm dày đặc, đặc trưng với cây thông liễu (ở Nhật gọi là Sugi) và nhiều họ cây đỗ quyên. Đảo Yakushima được bao bọc bởi rừng rậm có loại cây Cryptomeria theo tiếng Nhật là Sugi.
Rừng cổ ôn đới độc đáo của Yakushima được công nhận là di sản thiên nhiên thế giới
